Terusan Panama terdiri daripada dua buah tasik buatan, banyak saluran yang diperbaik serta saluran buatan yang baru, dan tiga set pintu air. Tasik Alajuela, tasik buatan tambahan, bertindak sebagai takungan untuk terusan. Disebabkan geografi tempatan, arah utama pelayaran adalah Barat Laut, manakala arah sejagat dari Lautan Pasifik ke Lautan Atlantik ialah Timur.

Reka letak terusan sebagaimana yang dilihat oleh sebuah kapal yang belayar dari hujung Pasifik ke Atlantik adalah seperti yang berikut: [14]

• Dari permulaan saluran masuk berboya ke Teluk Panama, kapal-kapal belayar 13.2 kilometer (8.2  batu) melalui saluran dan merentasi di bawah Jambatan Amerika ke pintu-pintu air Miraflores;
• Sistem pintu air Miraflores dua-peringkat, termasuk tembok tuju, ialah 1.7 kilometer (1.1 batu) panjangnya, dengan kenaikan sebanyak 16.5 meter (54 kaki) ketika pasang surut tengah;
• Tasik Miraflores buatan ialah aras berikut, dengan 1.7 kilometer (1.0 batu) panjangnya, dan 16.5 meter (54 kaki) di atas aras laut;
• Pintu air Pedro Miguel satu aras yang 1.4 kilometer (0.8 batu) panjangnya ialah bahagian kenaikan terakhir sebanyak 9.5 meter (31 kaki) ke aras utama terusan;
• Gaillard (Culebra) Cut memotong legeh benua sepanjang 12.6 kilometer (7.8 batu) pada ketinggian 26 meter (85 kaki), dan merentasi di bawah Jambatan Centennial;
• Sungai Chagres (Río Chagres), jalan air semula jadi, dikukuhkan oleh pengempangan Tasik Gatún dan mengalir 8.5 kilometer (5.3 batu) ke barat untuk bergabung dengan Tasik Gatun;
• Tasik Gatun, tasik buatan yang dibentuk oleh pembinaan Empangan Gatun, membenarkan kapal-kapal merentasi segenting sejauh 24.2 kilometer (15.0 batu);
• Pintu-pintu air Gatún, tangga pintu air tiga-peringkat yang panjangnya 1.9 kilometer (1.2 batu), mengembalikan kapal-kapal ke aras laut;
• Saluran 3.2 kilometer (2.0 batu) membentuk jalan masuk ke pintu-pintu air dari Lautan Atlantik;
• Teluk Limón (Bahía Limón), sebuah pelabuhan semula jadi yang besar yang lebarnya 8.7 kilometer (5.4 batu) antara pantai dengan pemecah ombak luar, membenarkan kapal-kapal berlabuh semasa menunggu peralihan.